삼성SDS가 2010년 삼성네트웍스와 합병한 뒤 과세당국이 1490억원 상당의 법인세를 부과한 것은 위법하다는 법원 판단이 나왔다.

서울고법 행정1-1부(부장판사 심준보 김종호 이승한)는 20일 삼성SDS가 잠실세무서를 상대로 제기한 법인세 부과처분 취소 소송 항소심에서 1심과 달리 원고 승소 판결했다.

삼성SDS는 2010년 삼성네트웍스와 합병하면서 삼성네트웍스 주주들에게 신주 발행과 합병 교부금 명목으로 총 9045억여원을 지급했다. 당시 삼성네트웍스의 순자산가액은 3214억원이었다.

이후 삼성SDS는 주주들에게 지급한 9045억원과 취득한 순자산가액 3214억원의 차액인 5831억원 가운데 1656억원을 무형자산으로 평가했다. 무형자산 중 1614억원을 합병에 따른 이익으로 산입하고 나머지 4174억원은 회계상 영업권으로 손금 산입을 유보했다.

그러나 과세당국은 삼성SDS가 영업권으로 계상한 4174억원 역시 합병으로 인한 이익에 해당한다며 2016년 법인세 1490억원(가산세 577억원 포함)을 부과한다고 고지했다.

삼성SDS는 법인세 부과에 불복해 감사원에 낸 심사 청구가 기각되자 회계상 장부에 계상한 영업권이 세법상 영업권과는 다르다며 과세당국을 상대로 소송을 제기했다.

1심 재판부는 "영업권은 삼성SDS가 피합병 법인인 삼성네트웍스 무형자산의 사업상 가치를 평가해 그 대가를 지급한 것으로 세법상 과세 대상"이라고 판단했다.

반면 항소심은 삼성SDS 측의 손을 들어줬다.

항소심 재판부는 "삼성SDS가 영업권에 사업상 가치를 평가해 대가를 지급한 것이라 단정하기 어렵다"며 "4174억원을 합병 평가 차익으로 보고 익금에 산입해 법인세를 계산한 처분은 위법"이라고 판단했다.

항소심 재판부는 "두 회사의 합병은 역량을 보완해 대외경쟁력을 강화하고 경영 효율성을 제고하는 등 동반 상승 효과를 극대화해 기업가치를 높이기 위한 것"이라면서도 "'합병으로 인한 동반 상승 효과'와 '삼성네트웍스가 창출한 영업권의 가치'는 별개"라고 했다.

이어 "삼성SDS는 삼성네트웍스의 무형자산 가운데 사업상 가치가 있는 것들을 모두 선정해 평가했고 나머지를 회계상 영업권으로 처리한 것으로 볼 수 있다"고 덧붙였다.